QUALISYS Consulting est géré par un conseil d'administration qui nomme des dirigeants chargés de gérer les affaires courantes de l'entreprise. La société dispose également d'un comité consultatif de gestion composé de personnalités du monde des affaires et de la formation qui conseillent l'équipe dirigeante de QUALISYS Consulting.

Les opérations de QUALISYS Consulting sont réparties en deux (02) Départements dont le département conseil et le département technologies. 

Le département conseil est organisé en Unités d’intervention (une unité en charge de l'exécution des missions de conseil et une unité en charge des missions de formation) et Domaines d'activité. Le responsable de chaque domaine est chargé de maintenir la gamme d'offres de conseil et de formation produite par le domaine, et de s'assurer que QUALISYS Consulting dispose des bons associés ayant l'expérience et les compétences nécessaires pour répondre aux besoins changeants du marché. 
Nos domaines de conseils actuels sont les suivants : 
   ❖Domaine de la Transformation des processus métiers ;
   ❖Domaine de la Transformation Digitale et du SI ;
   ❖Domaine de l’Agilité d’Entreprise et Gestion des Projets ;
   ❖Domaine de l’Audit, des Risques TI et Sécurité de l’Information ;
   ❖Domaine des Sciences de données et Intelligence Artificielle. 

Le département Technologies, en charge de toutes les opérations technologiques du cabinet et organisé par unités d’interventions dont l’unité Solution delivery, chargée de la mise en place des solutions digitales ; l’unité Développement de produits, chargée de la gestion du cycle des produits mis en oeuvre au sein du cabinet ; et ; l’unité d’infrastructure digitale.

Le département commercial de Qualisys Consulting est subdivisé en une unité marketing et communication et des unités de développement d’affaires répartis un peu partout en Afrique, au Moyen orient et aux Etats unis.

QUALISYS Consulting dispose de centres régionaux d’affaires dans les Cinq (5) coins de l’Afrique et d'un bureau international basé aux États-Unis. Les centres régionaux d’affaires actuels sont les suivants: 
   ❖Dakar — Sénégal - QG et la région de l’Afrique du Nord 
   ❖Abuja – Nigéria – Nigéria et pays anglophones d'Afrique de l'Ouest 
   ❖Abidjan – Côte d’Ivoire
   ❖Lomé – Togo, Pays francophones d'Afrique de l'Ouest 
   ❖Port Louis – Mauritanie, région de l'Afrique orientale et australe
   ❖Yaoundé – Cameroun – Région Afrique centrale 
   ❖Atlanta – USA – Amérique du Nord, Europe et Moyen-Orient

Le cabinet QUALISYS Consulting dispose des chargés d'affaires dans certains pays où il n’existe pas de bureaux : Benin, Afrique du Sud, Rwanda, Tunisie, Kenya, Djibouti, Niger, Guinée, Gabon.

QUALISYS Consulting dispose d’un département Support chargé d’accompagner les autres départements dans la réalisation de leurs différentes activités et d’assurer le bon fonctionnement de l’entreprise.
Le département support du cabinet est constitué des unités suivantes:
❖L’unité P.M.O Support, chargée de l’élaboration , du maintien, de l’accompagnement et du suivi des normes et bonnes pratiques de gestion efficace des projets au sein du cabinet;
❖L’unité Finances et comptabilité, chargée de la consolidation des données financières et de l’aide à la prise des décisions stratégiques.
❖L’unité RH chargé de s’assurer de la disponibilité du personnel qualifié et de son utilisation efficace de manière à favoriser le fonctionnement du cabinet et à améliorer ses performances
❖L’unité Support informatique, chargée principalement du développement des plateformes internes et externes de communication et de collaboration du cabinet.